艾滋病患者免疫功能低下，可合并多种肛肠科疾病，包括痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、直肠脱垂、肛门或肛周尖锐湿疣、甚至肛门癌等，尤其是男-男艾滋病患者更为多发、病情更为严重。但是，限于目前的社会环境及医疗条件，许多艾滋病合并肛肠科疾病患者往往就医困难，不能得到及时有效的治疗，延误了病情。医院性病艾滋病外科诊疗中心的建立使艾滋病外科诊疗平台并不断壮大，将艾滋病合并肛肠疾病的治疗被纳入其中。
至今，艾滋病外科诊疗平台已为近名艾滋病合并肛肠科疾病患者进行了手术治疗，其中肛瘘最多见，诊断主要依靠肛门内镜超声检查，手术方式包括肛瘘切开挂线引流术、肛瘘切除一期缝合术，合并肛周脓肿的行脓肿切开引流，手术效果良好，复发率低；较为常见的是痔疮，手术方式有PPH(吻合器痔上黏膜环切术)、外痔剥脱、内痔结扎术等，具有微创、痛苦小、并发症少、手术时间短、恢复快、疗效确切等优点；常见的还有肛门或肛周尖锐湿疣，与HPV感染密切相关，具有多发、传染性、极易复发等特点，严重的可恶变为肛门癌，生长位置较深的更是难于处理，中心采用手术切除、电灼、激光、光动能等多种外科方法联合内科药物治疗，取得了满意的疗效，大大降低了复发率。
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