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其检查方法是：检查者右手食指戴指套，涂润滑剂（常用肥皂液，液体石腊或凡士林），以方便将其插入肛门内并可减轻病人不适。先检查肛门缘周围皮肤，如有红肿、压痛、硬块，常提示有肛周脓肿；前后正中处有触痛，常提示可能有肛裂，可进一步扒开肛门看是否有肛管裂口；
肛门缘外有溃破口并伴皮下有条索状物通向肛内，常为肛瘘。肛缘周围检查完毕后，右手食指轻轻按摩肛缘，同时嘱病人作深呼吸以减轻腹压，使括约肌松弛，然后将食指慢慢伸入直肠；若突然将手指插入肛门，括约肌会因突然受到刺激而痉挛，不仅不易插入，并将产生疼痛。
行肛门指检，有以下几个方面的内容和意义：1、首先要进行的是肛门括约肌和肛管直肠环的松紧度检查，肛管直肠环是由内、外括约肌的上缘和耻骨直肠肌共同构成，围绕肛管与直肠的交界处，内、外括约肌呈环状，而耻骨直肠肌只在后面及两侧存在。
故肛门指检时，在肛管后方及两侧触到，而在肛管前方不易触到，肛门括约肌和肛管直肠环正常时食指能顺利的伸入肛门内，如果食指通过困难或不能通过说明肛门有不同程度的狭窄，而如果肛门括约肌过于松弛无力，可能就会有肛门失禁了；
检查肛管直肠前、后壁及其周围有无触痛、搏动、肿块，并应注意肿块的大小、硬度、活动性。对于位置较高的肿块，可在蹲位或截石位作肛门指诊，这两种体位可使肿瘤下移，可扪到较高部位的直肠癌。必要时可做直肠与腹部双合诊或直肠与阴道双合诊检查，对癌肿侵犯的范围可提供有价值的资料。
在直肠前壁，男性可触到前列腺，女性可触及子宫颈，不应误认为是病理肿块；检查完毕手指抽出后，要看手指套上是否染有血迹或粘液，必要时应作涂片检查。
在肛门指检时，可触到的几种常见的肛管直肠病变的情况：
1.直肠癌：在肠壁上可摸到高低不平的硬块，其表面可有溃疡，肠腔常狭窄，指套上往往染有脓血和粘液。
2.直肠息肉：可摸到质软而可推动的肿块，指套上常染有血迹。
3.内痔：一般内痔是柔软的，即使摸到也不能分辨其大小和多少，但如有血栓形成，则可摸到光滑的硬结。
4.肛瘘：可摸到索状物，有时在肛瘘内口可扪到小硬结或凹陷。一般来说，出现复发的几率是很低的，患者应该放心的尽早去接受手术为好，当然，还是那句老话，医院的肛肠专科医生，这样您的手术才会得到好的保障。
5.肛门直肠周围脓肿：骨盆直肠间隙脓肿及直肠后间隙脓肿，在直肠内可摸到压痛性肿块，表面较光滑。其他间隙脓肿可用拇、食指作双指触诊检查，即食指放在直肠内，拇指放在肛周皮肤上，拇、食指触诊，可以发现肛管前深、后深间隙脓肿、坐骨直肠间隙脓肿或肛周脓肿。
6、肛乳头瘤：可摸到质地中等而可推动的、长蒂肿物，指套干净。
由于指检有如此重要的作用，因此凡是第一次到肛肠科就诊的患者医生都会去摸一下肛门，而且会摸得比较深和仔细，以免漏诊误诊，患者可能会感觉比较难受，但请一定予以配合。临床上常有没有意识到指检重要意义的患者，不但不予配合，而且还发出今后再也不作这项检查了的牢骚。欣慰的是，近年来越来越多的患者意识到这一点，医生也能更好的为患者检查。
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